省国税局、省地税局、省科技厅、省经信委新近联合出台了《企业研究开发费用加计扣除操作规程》，这对进一步鼓励支持企业加强科技创新、加大科技投入具有重要的促进和推动作用。为方便实践中操作，现就规程中主要问题进行解读说明。
1、出台操作规程的背景和意义
企业研发费用税前加计扣除是一项很重要的普惠政策，对企业开展研发活动具有直接的鼓励作用。目前，研发费用加计扣除是以国家税务总局下发的《企业研究开发费用税前扣除管理办法（试行）》（国税发[2008]116号文）为主要依据，但是在实际工作中，企业研发活动是否属于加计扣除的技术领域、研发费用的归集是否科学合理、具体的费用是否属于加计范围，此外一些具体政策的了解和把握等等，有时不能得到相关部门及时帮助和解决，大量事务性工作常常集中在年底或年度税费征缴截止前，一些加计扣除工作中的矛盾也比较多的集中到税务征管人员身上，这些都在一定程度上影响政策发挥更好的作用。所以，联合研究制定具体的操作规程，旨在集成相关部门工作职能，更好的在过程中服务企业，指导企业用好用足政策，规范研发费用加计扣除工作程序，真正的把科技税收优惠政策落实到实处。
2、制定操作规程的主要依据
包括：国家税务总局的《企业研究开发费用税前扣除管理办法（试行）》（国税发[2008]116号文）、《江苏省地方税务局关于印发〈江苏省企业研究开发费用税前加计扣除管理办法（试行）〉的通知》（苏地税发〔2009〕6号）、《江苏省国家税务局转发〈国家税务总局关于印发〈企业研究开发费用税前扣除管理办法（试行）〉的通知〉的通知》（苏国税发[2009]41号）以及财务管理工作要求等。
3、办理研发费用加计扣除时主要环节
企业享受研究开发费用税前加计扣除政策一般包括项目确认、项目登记和加计扣除三个环节。
项目确认主要由地方科技部门办理，包括：国家、省及地方下达的各类科技计划项目、企业自行立项的研发项目等，此外属于经信部门下达的重点技术创新项目计划、中小企业发展专项资金项目、技术改造等计划的由该部门办理项目确认。主管税务部门对项目确认存有疑义的，提请上一级（省、市）税务机关会同科技部门提出鉴定意见。
项目登记和加计扣除由主管税务机关办理。地方科技部门应加强与当地税务部门的会商和联系，及时帮助企业和税务机关协调处理有关具体加计扣除工作中的问题。
4、项目确认实行属地化管理
县（市）范围内的企业研发项目，由县（市）科技局进行备案确认；省辖市各城区范围内的企业研发项目，由企业所在城区科技局负责汇总并报省辖市科技局进行备案确认；各国家级高新区内的企业研发项目，由各园区管委会科技局进行备案确认；企业纳税关系在省国税直属分局和省地税直属的中央企业及省属企业研发项目，由省科技厅进行备案确认；除此之外的中央企业及省属企业的研发项目，由所在地省辖市科技局进行备案确认。项目确认原则上由各地科技部门主管高新技术发展的业务处室负责办理，各地科技部门要明确专人负责办理，政策法规部门要积极做好研发费用加计扣除政策的宣传、推动、协调和统计数据的汇总等工作。
5、项目确认的办理流程
主要有两条路径：一是由企业直接报当地科技部门，二是由企业直接报主管税务机关。
企业直接报当地科技部门时，主要流程有：
①科技部门对企业所报的资料是否齐全、规范进行初步审查，初审合格后向企业出具受理通知单。对资料不符要求的，提请企业进行补充；
②受理的项目相对集中后（一般为10天左右），主管处室审核申报的研发项目是否符合《国家重点支持的高新技术领域》（国科发火[2008]172号）和国家发展改革委员会等部门公布的《当前优先发展的高技术产业化重点领域指南（2007年度）》（国家发展改革委员会等部门2007年度第6号公告），逐项签署《企业研究开发项目确认书》，并加盖部门印章。必要时提请专家组研究确定；
③对已确认的项目，主管处室进行汇总、备案；
④主管处室将企业所报送的全部资料以及项目确认书、项目汇总清单分别送当地主管税务机关的所得税征管部门办理项目登记等手续；
⑤对未通过项目确认的资料退回企业；
⑥各地科技部门按季度将项目确认情况汇总表报上一级科技部门。
企业直接报主管税务机关时，主要流程有：
①主管税务机关经初审合格后，由税务机关直接送当地科技部门办理项目确认；
②科技部门受理后10天内，主管处室审核申报的研发项目是否符合《国家重点支持的高新技术领域》（国科发火[2008]172号）和国家发展改革委员会等部门公布的 《当前优先发展的高技术产业化重点领域指南（2007年度）》（国家发展改革委员会等部门2007年度第6号公告），逐项签署《企业研究开发项目确认书》，并加盖部门印章。必要时提请专家组研究确定；
③对已确认的项目，主管处室进行汇总、备案；
④主管处室将企业所报送的全部资料以及项目确认书、项目汇总清单送主管税务机关的所得税征管部门办理项目登记等手续；
⑤对未通过项目确认的资料退回主管税务机关，由受理的税务机关退给企业；
⑥各地科技部门按季度将项目确认情况汇总表报上一级科技部门。
6、企业申请项目确认和登记时，应报送以下资料
①《江苏省企业研发项目情况表》一式三份（分自行开发、委托开发、合作开发、集中开发）；
②自主、委托、合作研究开发项目计划书和研究开发费预算一式两份；
③自主、委托、合作研究开发专门机构或项目组的编制情况和专业人员名单一式两份；
④企业总经理办公会或董事会关于自主、委托、合作研究开发项目立项的决议文件一式两份；
⑤委托、合作、集中等研究开发项目的合同或协议一式两份。
7、项目确认要依项目进行办理
企业当年存在多个研究开发项目的，按项目逐项进行确认。企业当年存在自行开发、委托开发、合作开发、集中开发项目的，按开发项目类别逐项进行确认。企业跨年度的研发项目，采取一次确认编号的办法。
